Com a Constituição de 1988 definindo a saúde como direito social universal, fazendo com que desta forma os hospitais deixassem de ser os centros do modelo assistencial, transferindo aos municípios a gestão dos serviços de saúde passou-se a observar a importância do desenvolvimento de instrumentos gerenciais relacionados com a avaliação dos serviços oferecidos à população.
Ao chegar a década de 90 surgem no Brasil iniciativas regionais relacionadas diretamente com a acreditação hospitalar, mais especificamente nos estados de São Paulo, Rio de Janeiro, Paraná e Rio Grande do Sul.
O assunto acreditação começa a ser discutido com maior intensidade no âmbito do Ministério da Saúde, em junho de 1995, com a criação do Programa de Garantia e Aprimoramento da Qualidade em Saúde (PGAQS).
A criação do Programa de Garantia e Aprimoramento da Qualidade em Saúde envolveu a formação da Comissão Nacional de Qualidade e Produtividade da qual faziam parte além do grupo técnico do Programa, representantes de provedores de serviço, da classe médica, órgãos técnicos relacionados ao controle da qualidade e representantes dos usuários dos serviços de saúde. Esta Comissão ficou responsável pela discussão dos temas relacionados com a melhoria da qualidade do serviço prestado, definindo estratégias para o estabelecimento das diretrizes do Programa.
O grupo técnico do Programa iniciou levantamento de Manuais de Acreditação utilizados no exterior - Estados Unidos, Canadá, Catalunha/Espanha, Inglaterra e outros, além dos manuais que começavam a ser utilizados no Brasil pelos estados anteriormente mencionados (Rio de Janeiro, São Paulo, Rio Grande do Sul e Paraná).
Este conjunto de atividades fez com que fosse encaminhado um projeto ao Programa Brasileiro da Qualidade e Produtividade (PBQP), aonde definia metas para implantação de um processo de certificação de hospitais identificado como Acreditação Hospitalar.
A partir do Manual editado pela OPAS e das experiências estaduais, buscou-se então estabelecer um consenso de opiniões para alcançar padrões de avaliação comuns a todos. Surge então, em 1998, o "Manual Brasileiro de Acreditação Hospitalar".
Dada a necessidade da existência de um conjunto de regras, normas e procedimentos relacionados com um sistema de avaliação para a certificação dos serviços de saúde, é constituida em abril/maio de 1999, a Organização Nacional de Acreditação (ONA), iniciando-se a partir daí a implantação das normas técnicas, o credenciamento de instituições acreditadoras, código de ética e qualificação e capacitação de avaliadores.